Армия машин продолжает бурить тоннели к Зиону. Уже через несколько часов они наводнят население последнего города Земли и положат конец существованию человеческого вида. Тем временем Нео застрял меж Матрицей и реальным миром, на вокзале, принадлежащем коварному Меровингину. Тринити и Морфеус предпринимают успешную попытку его освобождения и теперь всем необходимо быстро сделать правильный выбор следующего действия. В поисках ответа на свои вопросы Нео посещает прорицательницу Пифию, но так и не может найти выход. Катастрофа становится неизбежной. Несмотря на мощные оборонные системы Зиона и геройский настрой всего населения, гибель последнего оплота человечества становится неизбежной и лишь только Избранный может найти способ остановить безжалостное истребление человеческой расы.
Премьера фильма состоялась одновременно в крупнейших городах мира: 5 ноября в 6:00 в Лос-Анджелесе (по местному времени), 9:00 в Нью-Йорке, 14:00 в Лондоне, 17:00 в Москве, 23:00 в Токио, в 1:00 в Сиднее, а также еще в 50 странах по всему миру.
Команде по спецэффектам потребовалось два месяца, чтобы разработать машины для имитации идеально ровно падающих капель дождя.
Вдохновением для финальной схватки между Смитом и Нео создателям послужил финальный бой в «Спрятаться негде» (1999).
Оракул курит сигареты «Double Destiny».
Корабль, который упоминается как «Молот», на самом деле называется «Мьёлльнир», по названию молота Тора (бога грома, бурь и плодородия в германско-скандинавской мифологии).
Йен Блисс получил роль в фильме частично из-за своего внешнего сходства с Хьюго Уивингом
В фильме содержится 804 сцены со спецэффектами
Название станции между Миром машин и Матрицей — Mobil Ave. Mobil – анаграмма от Limbo, что в переводе означает чистилище, место между Раем и Адом
Название музыкальной темы финального боя между Нео и Смитом — «Neodämmerung» — происходит из немецкого слова «Gotterdämmerung» (дословно «сумерки богов»). Это также название части оперы Вагнера «Кольцо Нибелунгов». В «Gotterdämmerung» речь шла о финальной битве между богами, которая привела к их уничтожению. Зная, что произойдет, боги сражались за выживание человечества. Название музтемы не только подходит под сюжетную составляющую сцены, но и также подчеркивает влияние музыки Вагнера на запись саундтрека фильма.