Борцы за свободу Нео, Тринити и Морфеус продолжают руководить восстанием людей против Армии Машин. Для уничтожения системы репрессий и эксплуатации они вынуждены прибегнуть не только к арсеналу превосходного оружия, но и к своим выдающимся навыкам.
Участие в миссии по спасению человеческой расы от ее полного истребления приносит им более глубокое понимание конструкции Матрицы и осознание центральной роли Нео в судьбе человечества.
Фильм был запрещён в Египте, потому что «подстрекает верить в религии, на которых он основан».
Фильм был занесен в «Книгу рекордов Гиннеса» как «самый растиражированный фильм», так как он был выпущен в прокат количеством в 8517 копий.
Обучение актёров боевым искусствам началось в ноябре 2000 года и продолжалось 8 месяцев.
Имя Меровинджиан в действительности является названием правящей элиты Франции 7 века н. э. Это также — название одной из ветви церкви гностиков, а также имя предполагаемого потомства Иисуса и Марии Магдалины, данное рыцарями Тамплиеров
Титры с указанием создателей картины и актеров составляют 1943 имени.
По условиям контракта Вачовски на время работы двух продолжений «Матрицы» не должны были давать никаких интервью средствам массовой информации.
Во время производства картины актриса Кэрри-Энн Мосс сломала ногу, Лоренс Фишбёрн – руку, а у Хьюго Уивинга повредился шейный позвонок.
Компания «General Motors» пожертвовала 300 автомобилей для использования в съемках картины, и к их финалу все 300 были разбиты
Флот Зиона составлял 12 судов, 10 из которых упоминаются в трех фильмах о Матрице, а также компьютерной игре «Вход в Матрицу», а ещё 2 — в концептуальных художественных работах.