Съёмки фильма проходили в хронологическом порядке, за исключением начальных сцен в баре и финальных в гавани, которые были сняты последними.

---

Эпизоды в Ла-Рошели снимались в тех же эллингах, выстроенных немцами в годы Второй Мировой войны. Некоторые жители, еще помнившие оккупацию, отмечали, что «немцы такие же сумасшедшие, как и тогда».

---

Фильм снят по одноимённому роману Лотара-Гюнтера Буххайма.

---

В саундтреке фильма есть версия песни «It’s a long way to Tipperary», в исполнении Ансамбля песни и пляски им. Александрова. Эту же песню пели освобождённые английские военнопленные в советском фильме о немецкой подводной лодке «Секретный фарватер» (1986).

---

Эпизоды в Ла-Рошели снимались в реальных эллингах, которые использовали немцы в годы Второй Мировой войны.

---

В фильме можно увидеть шифровальную машину для радиосообщений «Энигма», вокруг которой построен сюжет другого фильма о немецкой подводной лодке — «Ю-571» (2000).

---

Для съемок U-96 было сделано два полноразмерных макета рубки и палубы, а также миниатюра подлодки, предназначенная для безлюдных сцен в море. Съемки сцен на мостике проходили в бассейне, в котором были установки для создания «штормовых волн».

---

Для сцен в отсеках подлодки была построена цистерна, которая висела на двух карданных подвесах и могла качаться вверх-вниз и влево-вправо, что позволило реалистично снимать сотрясения от разрывов глубинных бомб.

---

Препродакшн длился 5 лет. Сами съёмки заняли год и ещё год ушёл на постпродакшн.

---

Прокатная версия фильма продолжалась 150 минут, а режиссерская 209 минут. В 1996 году была выпущена полная версия картины продолжительностью 293 минуты.

---

Лодка, использованная для съемок фильма «Подводная лодка», также использовалась на съемках фильма «Индиана Джонс: в поисках утраченного ковчега» (1981).

---

На роль капитана U-96 претендовал Рутгер Хауэр, однако в последний момент актер отказался от участия в фильме и предпочел съемки в картине Ридли Скотта «Бегущий по лезвию бритвы».

---

На съемках в качестве консультанта присутствовал настоящий капитан U-96 Генрих Леманн-Вилленброк, которому к тому моменту исполнилось уже 70 лет.

---

Первоначально проект должен был возглавить режиссер Дон Сигел.

---

Большая часть съемок фильма прошла в Мюнхене.

---

U-96 — средняя немецкая подводная лодка типа VIIC времён Второй мировой войны, стала одной из самых знаменитых субмарин после издания романа «Лодка». Заказ на постройку субмарины был отдан 30 мая 1938 года. Лодка была заложена 16 сентября 1939 года на верфи «Германиаверфт» в Киле под строительным номером 601, спущена на воду 1 августа 1940 года. Лодка вошла в строй 14 сентября 1940 года под командованием капитан-лейтенанта Генриха Леманна-Вилленброка.

---

Финальная сцена была снята за один дубль, прежде всего из-за больших расходов на неё.

---

В начале 90-х годов группа «U-96» создала техно-версию музыкальной темы фильма — «Das Boot», ставшую очень популярной.

---